Plataforma laboratorial para monitorear el SARS-CoV-2 basada en la vigilancia de influenza y otros virus respiratorios en Perú / Laboratory platform for monitoring SARS-CoV-2 based on surveillance of influenza and other respiratory viruses in Peru

RESUMEN En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilancia laboratorial estructurado y en funcionamiento desde hace 22 años, basado en la vigilancia de influenza; inicialmente en modalidad de unidades centinela, y después fortaleciéndose e innovándose, con recursos propios y con apoyo externo, para generar información de calidad. Se han implementado avances biotecnológicos para la confirmación diagnóstica e incrementado las capacidades de la red nacional de laboratorios, manteniendo la eficiencia, considerando las diversas y complejas realidades de los niveles regionales, y superando dificultades de comunicación y articulación entre instituciones. Resulta necesario consolidar este sistema, con trabajo colaborativo y coordinado entre sus componentes, impulsando su eficacia y oportunidad y promoviendo la vigilancia genómica de nuevos virus y variantes, como actualmente ocurre con el SARS-CoV-2.

ABSTRACT In Peru, the COVID-19 pandemic demonstrated the usefulness of having a structured laboratory surveillance system that has been operational for 22 years, based on influenza surveillance; initially in the form of sentinel units, and later strengthened and innovated, with its own resources and with external support, to provide quality information. Biotechnological advances have been implemented for diagnostic confirmation and the capacity of the national laboratory network has been expanded, maintaining efficiency, considering the diverse and complex realities of each region, and overcoming difficulties regarding communication and articulation between institutions. It is necessary to consolidate this system, with collaborative and coordinated work between its components, boosting its effectiveness and timeliness and promoting genomic surveillance of new viruses and variants, as is currently the case with SARS-CoV-2.

Validación y evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real in house para la detección de SARS-CoV-2 usando un gen específico RdRp y control endógeno GAPDH / Validation and evaluation of RT-PCR real time in house test to detection of SARS-CoV-2 using specific RdRp gene and GAPDH endogen control

RESUMEN Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para los genes RdRP de SARS-CoV-2 y GAPDH de humanos; este último fue usado como control endógeno. Se evaluó la especificidad y sensibilidad; además, se evaluó otros parámetros como la robustez, la repetibilidad, reproducibilidad, comparabilidad y el límite de detección. La sensibilidad, especificidad, los valores predictivos positivo y negativo, la robustez, comparabilidad y la repetibilidad-reproducibilidad de la prueba de RT-PCR en tiempo real dúplex fue de 100%, con un límite de detección de 100 copias/µL, de acuerdo con los criterios de aceptación establecidos para validación del protocolo. Esta prueba estandarizada es una buena alternativa para el diagnóstico de COVID-19; además, la prueba fue aplicada de manera exitosa en personas sospechosas de la enfermedad permitiendo controlar el número de falsos negativos.

ABSTRACT The present work validated and evaluated a duplex real-time RT-PCR using specific primers and probes for genes RdRp from SARS-CoV-2 and GAPDH from humans; the latter was used as an endogenous control in all reactions. We evaluated the specificity, the sensitivity, the robustness, the reproducibility, the repeatability, the comparability, and the limit of detection. The predictive positive and negative values (PPV and PNV, respectively) and all the parameters evaluated using our duplex real-time RT-PCR was 100%. The detection limit was 100 copies/µL according to the acceptance criteria established for the validation of this protocol. Our duplex real-time RT-PCR demonstrated to be a good alternative for the diagnosis of COVID-19; in addition, this PCR was used adequately in suspicion of COVID-19, allowing it to control the number of false-negatives.

Especies rickettsiales en casos humanos con síndrome febril agudo inespecífico en Perú / Rickettsial species in human cases with non-specific acute febrile syndrome in Peru

RESUMEN Con el objetivo de caracterizar molecularmente aislamientos rickettsiales procedentes de humanos con síndrome febril agudo inespecífico se realizó un estudio descriptivo transversal, con aislamientos propagados en cultivos celulares Vero ATCC y líneas alternativas, verificando viabilidad mediante Inmunofluoresencia Indirecta (IFI). Previa extracción del ADN, se amplificó el gen gltA mediante PCR convencional, y se analizó su secuencia. Doce aislamientos fueron amplificados, cinco con suficiente ADN para secuenciarlos, evidenciando compatibilidad con R. asembonensis en cuatro, y estrecha identidad con Coxiella burnetti en uno. Al menos tres de siete líneas celulares alternativas mostraron rendimiento significativo en sub cultivos. Se identificó R. asembonensis en cuatro aislamientos de humanos con síndrome febril agudo inespecífico, procedentes de las regiones de Ayacucho, Cajamarca y Madre de Dios en Perú, y Coxiella burnetti en uno procedente de la región Loreto.

ABSTRACT With the objective of molecularly characterizing rickettsial isolates from humans with non-specific acute febrile syndrome, a cross-sectional descriptive study was conducted, with isolates propagated in Vero ATCC cellular cultures and alternative lines, verifying the viability by means of Indirect Immunofluorescence. Prior to DNA extraction, the gltA gene was amplified by means of conventional PCR, and its sequence was analyzed. Twelve isolates were amplified, five with sufficient DNA so as to sequence them, exhibiting compatibility with R. asembonensis in four, and a close identity with Coxiella burnetti in one. At least three of seven alternative cellular lines showed significant yield in sub-cultures. R. asembonensis was identified in four isolates of humans with non-specific acute febrile syndrome, coming from the regions of Ayacucho, Cajamarca, and Madre de Dios in Peru, and Coxiella burnetti in one coming from the Loreto region.

Prevalencia de anticuerpos a Rickettsias y Ehrlichias en cuatro departamentos fronterizos del Perú / Prevalence of antibodies to Rickettsias and Ehrlichias in four border departments of Peru

Para determinar la prevalencia de anticuerpos a Rickettsia y Ehrlichia, relacionada a contacto reciente y pasado, en localidades fronterizas de los departamentos Loreto, Madre de Dios, Tumbes y Tacna, durante los años 2010 y 2011, se llevaron a cabo encuestas para evaluación serológica empleando el ensayo de inmunofluorescencia indirecta (IFI), a fin de detectar inmunoglobulinas G (IgG) e inmunoglobulinas totales (IgA+IgM+IgG) en 1634 personas. Se encontró una prevalencia de contacto reciente para Ehrlichia de 3,7% (IC95%: 3,0-4,4) y para Rickettsia de 10,6% (IC95%: 9,112,1), y de contacto pasado para Ehrlichia de 19,0% (IC95%: 17,1-21,0) y para Rickettsia de 23,3% (IC95: 21,2-25,3). Se concluye, que existe una mayor prevalencia para contacto o infección pasada en la población estudiada, tanto para Rickettsia como para Ehrlichia, lo cual nos estaría indicando un comportamiento endémico de ambos agentes infecciosos en las áreas geográficas mencionadas.

To determine the prevalence of antibodies to Rickettsia and Ehrlichia, related to recent and past contact, in the border towns of the departments Loreto, Madre de Dios, Tumbes and Tacna, during the years 2010 and 2011, surveys for serological evaluation were carried out using the indirect immunofluorescence assay (IIF), in order to detect immunoglobulins G (IgG) and Total immunoglobulins (IgA + IgM + IgG) in 1634 persons. A recent contact prevalence was found for Ehrlichia of 3.7% (CI 95%: 3.0-4.4) and for Rickettsia of 10.6% (CI 95%: 9.1-12.1), and past contact for Ehrlichia of 19.0% (CI 95%: 17.1-21.0) and for Rickettsia of 23.3% (CI 95%: 21.2-25.3). It is concluded that there is a higher prevalence for past contact or infection in the population studied, both for Rickettsia and Ehrlichia, which would indicate an endemic behavior to both infectious agents in the geographic areas mentioned.

Perfil epidemiológico y molecular de Rickettsiosis en localidades de frontera peruana / Epidemiological and molecular profile of Rickettsiosis in peruvian border locations

RESUMEN Objetivos. Determinar circulación de rickettsias durante los años 2010 al 2011 en localidades fronterizas de cuatroregiones del Perú, y sus características clínicas epidemiológicas y moleculares. Materiales y métodos. Estudio transversal realizado en Tumbes, Tacna, Madre de Dios y Loreto. Se obtuvo datos clínicos epidemiológicos y muestras de sangre total para cultivo y para ensayo de inmunofluorescencia indirecta (IFI). Fue utilizado ADN extraído de cultivos de leucocitos y de ectoparásitos, aquellos genes específicos para rickettsias que amplificaron exitosamente fueron secuenciados y analizados. Resultados. El 33,8% de los encuestados portaba anticuerpos a rickettsias; en Loreto 21,7%, en Madre de Dios 33,0%, en Tacna 48,2% y en Tumbes 33,3%, encontrándose seropositividad en más del 40% de aislamientos confirmados por IFI. Las pruebas moleculares evidenciaron la presencia de Rickettsia felis en Ctenocephalides felis de perros y gatos de Tacna y una especie recientemente reportada para Latinoamérica: Candidatus Rickettsia asemboensis en pulgas Ctenocephalides felis de gatos y perros de Loreto y Madre de Dios. De la población estudiada, el 81,4% informó antecedentes de contacto con ectoparásitos, el 22,6% eran asintomáticos y el 27,8% habitaban viviendas sin agua ni desagüe, con piso de tierra. Conclusiones. Evidencias serológicas y moleculares confirman la circulación de rickettsias en las localidades fronterizas estudiadas, con predisponentes epidemiológicos, demostrándose presencia de dos especies: Rickettsia felis y Candidatus Rickettsia asemboensis, las que representarían una amenaza potencial para la salud de los pobladores.

ABSTRACT Objectives. To determine the circulation of Rickettsia in the years 2010 and 2011 in border locations in four regions ofPeru and their clinical epidemiological and molecular characteristics. Materials and Methods. A cross-sectional study was carried out in Tumbes, Tacna, Madre de Dios, and Loreto. Whole blood samples were obtained from participants for culture and indirect immunofluorescence (IIF) testing. The DNA taken from leukocytes and ectoparasite cultures was used, and those genes detected for Rickettsia that were successfully amplified were sequenced and analyzed. Results. A total of 33.8% of those surveyed carried Rickettsia antibodies (21.7% in Loreto, 33.0% in Madre de Dios, 48.2% in Tacna, and 33.3% in Tumbes). Seropositivity was confirmed with IIF in over 40% of isolates. Molecular tests showed the presence of Rickettsia felis in Ctenocephalides felis of dogs and cats in Tacna and a recently reported species for Latin America, Candidatus Rickettsia asemboensis, in fleas of cats and dogs in Loreto, Madre de Dios, and Tacna. Of the population studied, 81.4% reported a history of contact with ectoparasites, 22.6% were asymptomatic, and 27.8% lived in earthen-floored homes without water or drainage. Conclusions. Serological and molecular evidence confirms the circulation of Rickettsia in the border locations studied, with predisposing epidemiological factors. Tests confirm the presence of two species, Rickettsia felis and Candidatus Rickettsia asemboensis, which represent a potential threat to the health of the inhabitants.

Aspectos epidemiologicos y moleculares de las rickettsiosis en zonas de frontera peruana - años 2011- 2012 / Epidemiological and molecular aspects of rickettsiosis in Peruvian border areas - years 2011- 2012

Las rickettsiosis son enfermedades de zonas endémicas quetienen como condicionantes, factores socioeconómicos además de epidemiológicos. Resulta necesario abordar los aspectos determinantes de su presentación en nuestro país, en donde la información esescasa. El presente estudio describe algunos aspectos epidemiológicos relacionados e incursiona por primera vez en el Perú en intentos de caracterización de especies circulantes de rickettsias a partir deaislamientos de humanos y también de vectores procedentes de localidades fronterizas de los departamentos de Tacna, Tumbes, Loreto y Madre de Dios, colectados durante un estudio poblacional previo para detectar prevalencia. OBJETIVOS: Describir algunos aspectos característicos, clínico-epidemiológicos y genómicos de la circulación de rickettsias durante los años 2011 y 2012 en localidades de 4 zonas de frontera del territorio peruano. METODOS: Se analizaron datos clínicos y epidemiológicos de individuos de diversos grupos etarios, información almacenada en 1,657 fichas del estudio previo, el cual contó con aprobación por Comité deÉtica del Instituto Nacional de Salud (CEI-INS) y utilizó consentimiento informado. Se reactivaron ypropagaron aislamientos obtenidos de humanos durante el estudio previo, requiriéndose múltiples pasajes para obtener una carga microbiana aceptable. También fueron usados macerados de vectores (pulgas y garrapatas), obtenidos al momento del estudio, a partir de perros y gatos, en las mismas localidades estudiadas. Se hizo extracción de ADN de los aislamientos y alternativamente de maceradosde vectores, se corrieron pruebas PCR para los genes htrA y gltA. Luego se procedió a purificar los genomas para someterlos a secuenciamiento. Para la parte epidemiológica se evaluó proporciones...

The rickettsial diseases are present in areas with favorableconditions such as socioeconomic and epidemiological characteristics. It is necessary to address thedeterminants of presentation in our country, where information is scarce. This study aims to describesome related epidemiological aspects and attempts to characterize for the first time in Peru thecirculating species of rickettsiae isolated from patients and also from vectors present in fourdepartments: Tacna, Tumbes, Loreto and Madre de Dios, which were collected during previouspopulation-based study to detect its prevalence.OBJECTIVES:Describe some characteristic, clinical-epidemiological and genomic aspects of the circulation ofrickettsias during the years 2011 and 2012 in 4 border areas of Peru.METHODS: We analyzed clinical and epidemiological data from 1,657 individuals of various agegroups. The information was obtained from records stored in a previous study and past and presentstudies received approval by the Ethics Committee of the INS and used the same informed consent. Inaddition, reactivated and propagated isolates from humans and also vectors macerated, obtained duringthe previous study were used to perform DNA extraction and PCR tests for the htrA and gltA gene inorder to proceed the genomic sequencing and identify the isolates...